Berbagai program pendidikan dan pembiasaan dirancang untuk mengembangkan keimanan, karakter, pengetahuan, keterampilan serta potensi peserta didik.
Program MIS Al Muhajirin dikembangkan sebagai bagian dari proses pendidikan yang tidak hanya menekankan kemampuan akademik, tetapi juga membangun karakter, religiusitas, keterampilan dan kepedulian peserta didik.
Pelaksanaannya terintegrasi melalui kegiatan pembelajaran, pembiasaan, kokurikuler dan ekstrakurikuler sehingga peserta didik memperoleh pengalaman pendidikan yang utuh.
Mendampingi peserta didik untuk tumbuh dalam iman, ilmu, karakter dan keterampilan.
Program-program yang mendukung pencapaian tujuan pendidikan dan pembentukan karakter peserta didik MIS Al Muhajirin.
Membentuk budaya religius melalui pembiasaan ibadah, membaca Al-Qur'an, salat berjamaah dan berbagai kegiatan keagamaan di lingkungan madrasah.
Menanamkan nilai cinta kepada Allah dan Rasul-Nya, ilmu, lingkungan, diri dan sesama, serta tanah air.
Membiasakan peserta didik membaca, memahami informasi dan mengembangkan kemampuan berkomunikasi.
Mengembangkan kemampuan menggunakan konsep matematika untuk memahami dan menyelesaikan permasalahan kontekstual.
Membentuk kepedulian terhadap kebersihan, kesehatan dan lingkungan melalui kegiatan pembiasaan.
Kurikulum Berbasis Cinta diintegrasikan ke dalam kegiatan pendidikan untuk membangun hubungan yang harmonis antara peserta didik dengan agama, ilmu, sesama, lingkungan dan bangsanya.
Program Rutin Madrasah menjadi bagian dari pembiasaan untuk mengembangkan religiusitas, kesehatan, kepedulian lingkungan dan karakter sosial serta rasa nasionalisme peserta didik.
Menumbuhkan kepedulian, empati dan semangat Nasionalisme.
Kegiatan keagamaan untuk memperkuat iman, ibadah dan karakter Islami peserta didik.
Senam dan aktivitas fisik untuk membangun kebiasaan hidup sehat dan aktif.
Membiasakan peserta didik menjaga kebersihan dan peduli terhadap lingkungan madrasah.
Setiap peserta didik memiliki potensi yang berbeda dan perlu mendapatkan ruang untuk tumbuh serta berkembang.
Mengembangkan bakat seni Islami sekaligus menumbuhkan kecintaan kepada Rasulullah SAW.
Melatih keberanian dan keterampilan berbicara di depan umum.
Mengembangkan kedisiplinan, kemandirian, kerja sama dan kepemimpinan.
Memberikan ruang pengembangan bakat melalui menggunakan fasilitas utama sekolah.
Proses pendidikan dilaksanakan secara berkelanjutan agar nilai positif tidak hanya dipahami, tetapi menjadi bagian dari kehidupan peserta didik.
Pendidikan yang mengembangkan iman, ilmu, karakter dan keterampilan dalam lingkungan madrasah yang Islami.
